Las funciones del Organo Máximo de Organización son las que le asigna la Ley de la Escuela Pública Vasca en su art. 31.2:
a)Aprobar el Proyecto Educativo del Centro (PEC), el Proyecto Curricular de Centro (PCC), el Reglamento de Organización y Funcionamiento (ROF) y el Proyecto de Gestión (PG), velar por su cumplimiento y realizar su evaluación conforme a lo dispuesto en el artículo 28.3 de la Ley de la Escuela Pública Vasca.
b)Aprobar el Plan Anual del Centro, sin perjuicio de lo dispuesto en el articulo 35.2.a) de la Ley de la Escuela Pública Vasca.
c)Aprobar el programa de actividades de formación y reciclaje del profesorado, el de actividades extraescolares y complementarias y el plan anual de gestión, asumiendo su seguimiento y evaluación periódicas.
d)Aprobar la Memoria Anual del Centro.
e)Elegir al Director, y elevar a la Administración Educativa para su posterior nombramiento el resto de los Órganos unipersonales designados previamente por el Director. Proponer la revocación, cuando existan causas que así lo justifiquen, del nombramiento del Director, o su suspensión, previo acuerdo adoptado por mayoría de dos tercios.
f)Decidir sobre la admisión del alumnado en el Centro, con sujeción estricta a lo establecido
en la normativa vigente.
g)Resolver los conflictos e imponer las sanciones en materia de disciplina del alumnado, de
acuerdo con las normas que regulen los derechos y deberes de los mismos.
h)Establecer las relaciones de colaboración con otros Centros con fines culturales y educativos.
i)Promover la renovación de las instalaciones y equipo escolar, así como vigilar su conservación.
j)Supervisar la actividad general del Centro en los aspectos administrativos y docentes (calendario escolar, presupuestos,....).
k)Proponer a la Administración Educativa la denominación específica del Centro o sus modificaciones.
l)Decidir sobre el procedimiento que permita cubrir las vacantes en el CE, en los casos en los que éstas no sean cubiertas por falta de suplentes, sin necesidad de esperar a las correspondientes renovaciones parciales.
m)Evaluar la actividad y el funcionamiento del propio Consejo Escolar.
n)Cualquier competencia que le sea atribuida por esa ley o por otras normas, o en el Reglamento de Organización y Funcionamiento de Centro.